La construction du couvent a été ordonnée en 1389. Situé sur un emplacement privilégié, au-delà de Rossio et la colline du château São Jorge, en plein cœur du quartier cosmopolite du Chiado, l’Eglise du Couvent, qui était autrefois la principale église gothique de Lisbonne, est l'un des témoignages laissés par le tremblement de terre de 1755. Le couvent a été à l'occasion une dépendance militaire et, lors du coup d'État du Portugal le 25 avril 1974, la Révolution des œillets, le site a été servi comme casernes où le président de l'époque, Marcelo Caetano, se réfugia des soldats rebelles. Au siècle dernier, le monument est devenu le siège de l'Association portugaise archéologique, qui a fondé le Musée Archéologique du Carmo, qui expose des pièces liées à l'histoire de Lisbonne, de l'époque préhistorique jusqu’au Moyen Age, et possède une impressionnante collection d’objets de la vie religieuse et héraldique du Moyen Age.