Décrit comme l'un des plus riches et plus grands couvents de Lisbonne, ce monument a été construit au XVème siècle à l'endroit même où était autrefois placée une petite chapelle consacrée à São Bento.

Son histoire remonte à 1455 lorsque la reine D. Isabel, épouse de D. Afonso V, avait obtenu la permission de l’Abbé du monastère d'Alcobaça de construire un hospice pour les "Bons Homens de Vilar " (Les Bons Hommes de Vilar). Ils appartenaient à la congrégation des « Frades Azuis » ou «Loios » (Loios ou moines bleu).

Au décès de la Reine, un legs de 8,000 écus d'or fut remis pour l'achèvement des travaux. Le bâtiment est devenu plus tard un couvent. Presque un siècle plus tard, Canon António da Conceição (1520-1602), un moine, a été nommé pour planifier une extension du couvent, qui pris son nom. Les plus beaux marbres portugais ont été employés dans sa construction, en combinant des variétés exquis, tels que les blancs et les roses.

Mort en 1602, António a été directement porté à la sainteté par la populace, être connu comme Beato António.

Grâce à sa structure solide, le couvent a résisté au tremblement de terre de 1755. A la fin du 17ème siècle, l'une des ailes du couvent a été utilisée comme hôpital militaire royal. Après que les ordres religieux ont été abolis, et l'église profanée, le couvent a souffert d’un incendie important qui le détruisit en partie. Presque en ruine, toutes les images, objets liturgique, œuvres sculptées et d'autres trésors magnifiques et ornements ont été retirés du couvent. La structure en pierre (16ème -18ème siècles, avec une voûte gothique survivant du 15ème siècle) et la plupart des portes (en bois dur du Brésil), ont néanmoins survécus. En 1834, l'homme d'affaires João de Brito a acheté la plupart des bâtiments en ruines, pour y installer une usine moderne. C'est là qu’un moulin à vapeur a été installé pour la première fois au Portugal.

L'ancien couvent faisait partie de l'usine jusque dans les années 1970, lorsque les travaux de restauration ont commencé. Une partie de la façade a été détruite en 2004 par un incendie. Le bâtiment a été de nouveau restauré et a rouvert une pour l’organisation d’événements spéciaux en mai 2005.